这是一个被巨人支配着的世界。成为巨人的食物的人类建造起了高达50米的巨大墙壁，以自由为代价去防止墙外的巨人的侵略。10岁的少年艾伦·耶格尔梦想着看到未知的墙外的世界。艾伦对那些满足于暂时的和平而放弃外出的人们感到格格不入。艾伦称他们为“家畜”。他们认为艾伦是“异物”。但是，由于能跨越墙壁的超大型巨人的出现，艾伦的“梦想”和人们的“和平”都瞬间土崩瓦解了。
“バンパイア”のテスト飛行中、謎の触手から攻撃を受けた藍華。彼女はどうにか機体を立て直すが、敵の正体は不明であった。そんな中、藍華はエリから呼び出され、久々に彼女やカレンとの再会を果たす。だが、それは藍華に依頼をするためであった。カレンの通っている聖エアロ学園に潜入し、ここで起きている連続失踪事件を調べることとなった藍華。そして、エリが怪しいと睨んだ時計塔は、例の触手が潜んでいた場所でもあった。
