全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
本片主角伍六七原本在小鸡鸟上生活得无忧无虑,但因为失忆所以其身份成迷。随看外来者登入小岛认出了伍六七,各种阴谋也开始笼罩小鸡岛。于是伍六为了保护伙伴和他们的家园,决定回到玄武国迎接自己的宿命。
殷商末年，东海大将夜叉密谋篡权，企图暗害龙王之女以达成他统治东海的目的。不料其阴谋被陈塘关总兵李靖之子哪吒无意撞到。为了掩人耳目，夜叉将暗害龙女的罪名嫁祸给哪吒，将其变为龙族的公敌。而在另外一方，哪吒受怪仙太乙真人之命前往金光洞修道，途中遇到了遭遇夜叉暗害而失去记忆的龙女，以及精通变化和遁地之术的土行孙，三人都被太乙真人收为门徒。就在哪吒一行人潜习法术之时，夜叉却率龙宫重兵来到了陈塘关，大战一触即发。
