故事以2020年东京奥运会之后的日本为背景，通过“极普通的家庭故事”，讲述了在日本逐渐沉没的情况下，面对终极选择的人们的现实生活。
今天，是少女由乃（阿澄佳奈 配音）离开父母，独自来到大城市念书的日子，虽然考入了梦寐以求的山吹高中艺术科，但是面对未知的生活，由乃的心中尚且留有几分忐忑。在学校旁边有一间名为向阳庄的公寓，在这里，由乃即将度过三年的学习时光。 在向阳庄里，由乃结识了许多有趣的朋友们。活泼好动开朗乐观的宫子（水桥香织 配音）一直都因为其大大咧咧的性格扮演着麻烦制造机的角色；每天都在减肥中的温顺少女寻（后藤邑子 配音）在发起怒来的时候不亚于阎王再世，此外，还有个性直率的沙英（新谷良子 配音），一口关西腔的乃莉（原田瞳 配音），略微有些自卑的小荠（小见川千明 配音），这些女孩子在向阳庄里，在笑声中，努力着奋斗着，一步一步向各自的梦想迈进。
故事以一連串女高中生離奇死亡的事件開始，深陽學園2年C組的女學生宮下藤花原來隱藏著「Boogiepop Phantom」的第二重人格，行為奇異，究竟宮下是否這些死亡事件的主谋？ 「Boogiepop Phantom」到底是都市中傳說的死神，還是正義的使者？
明日岛虽然鼓励创新，但新技术存在着很高的风险，同时明日岛也面临着很多自然灾害。面对各种危机，由代表科学（S）的赛拉斯、技术（T）的甜甜、工程（E）的爱迪、艺术（A）的阿力、数学（M）的曼妮莎和运动（！）的小金组成的超学先锋就会挺身而出，赶往救援的第一线。在塞拉斯的指挥下，队员们分工合作，利用各种科学知识解决各种麻烦。在处理危机的过程中，队员们可能会产生观点和行动上的分歧，但最后大家总能坚持团结合作精神，并找到解决问题的最佳方案。而人工智能百变校巴作为超学先锋的重要成员，也会变身各种工程车，助力救援行动。
