故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。
忽然有一天早上，极度怕麻烦的高一男生江浩一迎来了噩梦的开始：校花竟然前来声称怀了自己的孩子?学姐前来斥责自己劈腿？……男主人公江浩一，凭借“爱神巧克力”的力量，获得了从天而来的美少女后宫。粉色系大小姐夏紫瞳，运动少女唐瑄，学霸眼镜娘林渊，再加上原本就喜欢着江浩一的病娇黑长直欧阳雪梨，还有一个每次出场都在吃东西的爱神妹子。江浩一的后宫里，你最喜欢哪一个呢？
海婴（伊一 配音）从小就失去了父母，在一个临海的小渔村里过着孤苦伶仃的生活。因为孤身一人，海婴常常受到其他孩子们的欺负，然而，善良的海婴只是选择默默忍耐。海婴觉得，如果自己能够找到母亲，那么她就能够获得朋友们的认可，就这样，小小的女孩踏上了漫漫寻母之旅。 哪知道刚刚出发没多久，海婴就被海盗绑架了，众人千里迢迢来到了仙女城，又在意外之中解除了封印使得邪恶的烈焰魔王重现世间。强大的烈焰魔王企图毁灭整个世界，唯有水晶之剑才能够将其降服。通过和妈妈的心灵感情，海婴最终寻得了宝物，她能否凭借自己的力量战胜邪恶，保护世界的和平呢？
4000年前，出逃王宫的商朝王孙有莘不破救下太一宗弟子江离，两人结伴游荡荒原，入商队、遭异兽、遇天劫，属于少年的冒险正在展开。在他们的身后，王朝交替、山雨欲来，夏商之间爆发了一场有史以来最伟大的战争。命运的齿轮开始转动，那些天赋异禀的少年，早已身在局中。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
