艾可魔法少女由音乐，魔法，美少女三大元素构成，主要讲述了3位新海学院6年级的转学生，其实是来自神秘乐之世界的音乐魔法少女，她们在暗中对抗着邪恶的噪音魔王，悄悄的维护着世界的安宁与和平。
小顾和母亲给去世的父亲扫墓,小顾突然掉进了虫洞之中,回到了十年前。这个虫洞是未来的科学家实验失败所致,但新虫洞出现的时间并不确定。 这时小顾发现穿越回来的时间正是父亲病重(白血病)之时,也正是这段时间, 父亲对小顾态度很差,让小顾在以后的生活中都觉得父亲并不爱自己。 小顾以家教的身份隐居在小学同学罗童童家。小顾看到了小时候的自己。小顾在父亲昏迷前与父亲见了一面,并坦白了一切,。 在父亲去世那一天,他们三个来到医院,站在病房外,听着病房里的哭声,小顾借机告诉小时候的自己父亲其实很爱他小小顾伤心地哭了起来。 突然,脑内的声音又响起,科学家告诉小顾半小时后他们制造的新虫洞会出现在某处。
娇小害羞的千濑（前田亚季 饰）一直暗恋着同班同学修次（洼冢俊介 饰），终于，在鼓起勇气向修次表白之后，千濑和修次之间纯白的爱情之花绽放了。一天，札幌的上空突然飞来了大量的轰炸机，战争开始了，也就是从那时起，修次发现了深藏在千濑体内的秘密——向来人畜无害的千濑竟然被军方残忍的改造成为了“最终武器”。 尽管心中充满了恐惧与不忍，但只要遭到了攻击，千濑的身体就会不受控制地做出自卫反击，就这样，在短暂的幸福之后，千濑绝望而又无助的，作为兵器的余生开始了。看着身体和心灵都千疮百孔的女友，修次无法说出宽慰之语，他只能通过行动，默默的陪伴在千濑的身边。
故事发生在遥远的“猪猡纪”，那是一个由猪统治地球的年代。那时，小动物们对地球上各种资源开始了无节制地开采，导致整个地球乌烟瘴气，自然环境受到严重破坏。为了保护环境，扭转地球生态恶劣的局面，“猪猪侠”克服重重困难，终于研制出了一个具有神秘力量的“魔法智慧球”，自己却陷入到三千年才可轮回转世的魔咒当中，离开了人世。 他把“魔法智慧球”交付给了当时身份是厨师的王小二，并叮嘱他一定要完成拯救地球环境的使命。然而后来王小二背信弃义，利用“魔法智慧球”开创自己的王国，对地球环境的破坏更是变本加厉，人类生存苦不堪言。
