藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？ AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
喜欢棉花糖的胖大叔·日下，以及喜欢日下的OL·若林。这两个看上去很不般配的人却在办公室里发生了一段段有趣的交流，带来不一样的办公室恋爱故事。
克隆人士兵锤头发生了严重的神经紊乱，并造成了一名绝地大师的死亡。为了找出他的行事动机，安纳金护送锤头回到卡米诺星球进行检查。
