圣尊凌云峰和一批信念坚定的伙伴经过拼死斗争，终于让世界恢复了和平。刚要享受一下来之不易的平静，却突然发现，自己在斗争之前，居然结下了很多情债，而且还有了孩子。是时候要还了！母胎单身，又完全没有恋爱养娃经验的圣尊要开始投入到新的战场了！亲情，爱情来得太突然。
本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游戏。
