东京都高度育成高中，是以升学率、就业率100%为荣，每月支付相当于10万日元金钱的梦想学校。但是，其内在是只有一部分成绩优秀者才能得到好待遇的实力至上主义学校。 迎来第3学期，从D班晋升为C班的绫小路等人前往林间学校。在那里实施的是被称为“混合集训”的全年级联合进行的特别考试。就像它的名字一样，按男女分开，必须结成由多个班级人员混合的小组，以该小组为单位进行评分的考试。 如果不与一直以来作为敌人而竞争的其他班级的学生们合作，就无法获得高分，而且最重要的是，在没有达到分数线的小组中将有人退学。 动荡的第3学期即将拉开帷幕！
东京港突然出现了超级怪兽度林卡。青年东光太郎挺身而出，孤身奋战击败了怪兽，得到赛特队重视，成为赛特队一员。再一次与怪兽战斗中，献出了生命，这时奥特之母将泰罗的生命给予了东光太郎，东光太郎亦因此成为泰罗奥特曼。
一度平静的斯沃罗夫小岛被弗林德·洛克伍德（比尔·哈德 Bill Hader 配音）的天才发明复食机所摧毁。最终他成功破坏复食机，并打算和山姆（安娜·法瑞丝 Anna Faris 配音）他们重建美好家园。这时候，弗林德最崇拜的偶像——丽芙公司老板切斯特 V（威尔·福特 Will Forte 配音）从天而降。切斯特是一个天才发明家，他的公司更是云集了全世界顶尖的科学家。切斯特邀请弗林德加入丽芙公司，并承诺带着岛民前往加利福尼亚，而他的公司将负责清理破败的小岛。为了成为幻想发明家，弗林德拼尽全力开展研发。与此同时，故乡却传来不好的消息。许多清理者被活着的食物所捕获，似乎复食机并未完全摧毁，并且朝着弗林德不曾预料的方向继续发展。 在切斯特的命令下，他和山姆、老爹以及其他伙伴们踏上了返乡的旅途，寻找解决麻烦的办法……
