这是一个人鬼混居的世界，鬼通过附身在人身上的方式来达到抵达现世的目的。能够从鬼手中保护人类的，是可以穿上动力服“铠”的战士们，动力服融合了古代秘术与最新的科技，拥有强大的力量。 三轮翔（野田雄大 配音）本是平凡的男子高中生，心中充满了正义感，还有对于英雄的憧憬。在误打误撞之中，翔穿上了动力服，并且加入了和鬼进行战斗的小队之中。在那里，翔结识了拥有将鬼送往异世界的能力的女巫明神逢花（茉白实步 配音）、世世代代守护女巫一组的“忍者”服部凉（水上翔斗 配音）以及同样拥有与鬼交战的能力的女生成濑枫（坂崎绘理 配音）等人。
大明初起，明太祖朱元璋设锦衣卫亲军指挥使司，后分设南北镇抚司，稽查百官，权势煊赫。锦衣卫沿袭百年，南北镇抚司势如水火，相争不下。朝堂党争激烈，江湖盗匪猖獗，盛世繁华之下，却隐藏着汹涌暗流……
住在以第七迷宫为中心的城镇，支乡的年轻人阿里巴巴，通过做着车夫的打工逐渐实现着自己攻略迷宫，成为大富翁的梦想。这样的一天，他与为寻找『魔神的金属器』而旅行着的迷之少年，阿拉丁相遇了。阿里巴巴在目睹了潜藏于他所持有的笛中的『乌戈君』的力量后，向阿拉丁提出了共同进行迷宫攻略的邀请。 魔笛MAGI第二季全集动画预定播放内容为原作的大圣母篇。
