神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
作为春名露（池泽春菜 配音）的宠物，哈姆太郎（间宫久留美 配音）是一只外表可爱内心单纯又充满着好奇心的黄金鼠，虽然和主人之间无法用语言交流，但两人深厚的感情溢于言表。这一次，哈姆太郎跟随着主人来到了一座新的城市，对于哈姆太郎来说，这无疑是一场为大冒险的开端。 在新家里，哈姆太郎结识了许多有趣的朋友。来自法国的丽丽（村井每早 配音）似乎对哈姆太郎有着爱慕的感情；野生的大将（伊藤健太郎）总是充当着首领的角色；贪吃又可爱的哆哆（爱河里花子 配音）依旧捧着它的葵花籽。越来越多的朋友加入了哈姆太郎的大家庭，它们建立的哈姆哈之树更是成为了大家欢聚一堂的据点。有了这些朋友的陪伴，哈姆太郎快乐的生活开始了。
故事发生在位于东京郊外的私立八光学园之中，这所学校致力于培养高贵纯洁的千金大小姐并因此远近闻名。然而，令众人都无法相信的是，自2011年4月起，这所从未被男子所踏足过的圣殿，竟然开始招收男生，而以藤野清志（中川大志 饰）为首的五个男生成为了这所学校历史上的首批男子学员。 在诸葛岳人（柄本时生 饰）、若本真吾（矢野圣人 饰）、安德烈（坂本祐介 饰）和根津让二（宫城大树 饰）的怂恿之下，藤野清志决定和他们一同去偷窥女澡堂，然而很快就落网的四人当然遭受到了来自于校园内部神秘组织“里学生会”的惩罚。他们被监禁在“监狱”之中，每日都要受到会长栗园万里（山崎紘菜 饰）等学生会骨干的“折磨”和“蹂躏”。
风宫库洛自幼和父亲过着相依为命的生活，哪知道，有一天，这唯一的依靠也不告而别，只留下高筑的债台，需要库洛来偿还。为了还债，库洛来到了债主白龙院家，他将在那里担任男仆的职务，用劳动来抵债。白龙院家的少爷米斯是一个性格古怪充满了恶趣味的人，他给身为男性的库洛穿上了女仆的制服，以此为乐，并且不断的骚扰着库洛，令后者十分苦恼。 弗雷是米斯同父异母的弟弟，两人虽为兄弟，却亦是白龙院家主地位的竞争者。和飞扬跋扈的米斯不同，弗雷看上去安静而又温顺，可实际上，他内心里的算盘打得十分精明。弗雷和米斯同时爱上了库洛。
深受过往失败所苦的花式滑冰选手，遇见一心追求滑冰梦想的年轻女孩，他决定成为她的教练，与她携手朝世界级金牌前进。
统率着作为邪恶化身的魔族，以暴力与权力不断侵略世界的魔王阿里曼。然而，这位魔王不知为何突然停止了所有的侵略行为！魔界最强的魔王停止侵略的理由……竟然是——魔王家的女儿瞳也太温柔了吧！！ 虽为魔族之身，瞳的温柔却深不见底。这份温柔之强大，就连凶残的魔族、暴戾的魔物、被奴役的人类，乃至势不两立的天使，都能被治愈得心都化开。女儿这副模样，让魔王担心得不得了，哪还有心思去侵略啊。看到魔王苦恼的模样，近臣贾希决心要将瞳培养成出色的魔族，于是开始对她进行各种试炼。然而贾希尚未察觉，这些试炼反而会让瞳的温柔之心愈发闪耀……而瞳的这份温柔，正在这个毫不温柔的世界里激起阵阵涟漪——
拥有可以毁灭世界之能力的魔王阿诺斯（铃木达央 配音）因为厌倦了打打杀杀，被所有人恐惧的生活，而选择了转生，来到了两千年之后。让他没有想到的是，这个世界因为失去了魔王的威胁，魔法日渐衰落，他的子孙们一个个的都成为了手无缚鸡之力的软蛋。 阿诺斯进入了专门培养魔王转生者“魔王学院”就读，哪知道自己竟然在那里被打上了“不适任者”的标签，所有的人都瞧不起他。只有一位名叫米夏（楠木灯 配音）的少女和其他人不一样，对待阿诺斯非常的亲切，于是阿诺斯决定让米夏成为自己的部下，并发誓要展现自己真正的实力，一步一步的爬上魔族阶级制度的最顶端。
