狮子亚历克斯他们在马达加斯加的快乐故事仍在继续。而另一边厢，那四只调皮捣蛋的企鹅：沉着冷静的老大（Tom McGrath 配音）、脑瓜机灵的技术狂卡哇伊（Jeff Bennett 配音）、单纯而超梦的菜鸟（James Patrick Stuart 配音）以及疯狂危险的凉快（John DiMaggio 配音）却回到了纽约动物园。虽然平时被关在笼中，但这根本难不住技能互补的企鹅四兄弟，在繁华的国际大都会，他们还是可以让演一场又一场令人咋舌又拍案叫绝的大冒险。此外，超级自恋狂狐猴朱利安国王14世和大毛也告别老家，携手到陌生的美国闯天下。动物、人类，原始、文明，彼此间发生激烈碰撞，有趣的故事接连上演…… 本片为动画电影《马达加斯加》的衍生剧。
故事发生在一个非常炎热的夏天，久坂悠（岸尾大辅 配音）是一名看上去对一切都毫不在意，非常冷漠的男子高中生。某日，一位名叫夜明瑛梦（水树奈奈 配音）的少女出现在了他的面前，而紧随其后对她进行攻击的，是名为魂兽的可怕怪物。 魂兽激发了隐藏在阿悠体内的特殊能力，原来，阿悠是一名魂兽使，能够通过操纵魂兽来获得强大力量，然而，操纵魂兽也要付出相应的代价，在操纵魂兽的同时，阿悠的心灵也会遭到黑暗的侵蚀，如果阿悠的精神来到了濒临崩溃的边界，他将彻底的被魂兽所吞噬，再也恢复不成人类的模样。
青蛙家族生活在风景如画气候宜人的大沼泽中，它们在这里世代繁衍，过着平静而又幸福的生活。然而，某一日，一群不知道从哪里来的牛蛙现身沼泽之中，打破了笼罩在这里的和平，在激烈的交战中，青蛙小黑萌（吉静 配音）不幸和妈妈走散。 人类想要在沼泽旁边建造一间工厂，这势必会对沼泽的生态带来毁灭性的打击，为了生存下去，青蛙家族决定举家迁徙，寻找新的家园，小黑萌亦被裹挟在庞大的队伍之中，向前进发。在此过程中，小黑萌不仅仅要面对周围频发的意外和危险，还要找到妈妈的下落回到妈妈的身边，面对虎视眈眈的敌人和飘忽不定的命运，小黑萌最终能够完成这艰巨的任务吗？
