转职为暗影君王后，程肖宇获得了操纵影子大军的能力。为了治愈生病的母亲，寻找制作“生命神水”的材料，程肖宇独自踏上攻略恶魔域的道路......
灯灯（山新 配音）是一只能够发出闪亮光芒的萤火虫，被同类们视为偶像一般的存在，为此灯灯感到十分自豪。某一日，一个名为极光（郭盛 配音）的外星人来到了灯灯的身边，从此，灯灯再也不是最璀璨的存在了，这让灯灯感到无比的失落。在这个节骨眼上，邪恶贪婪的独叫兽（邓伟锋 配音）花言巧语的诱骗了灯灯，导致它落入了苍狼大王（宝木中阳 配音）的圈套之中，身陷囹圄。 得知了灯灯的不幸境遇，极光挺身而出，带领着灯灯的好友阿贵（姚雷 配音）和小蝴仙（李姗姗 配音）等人踏上了解救灯灯的旅途。他们能够打败苍狼大王和它的爪牙们，顺利而又安全的救出灯灯吗？
牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
