讲述了“第二模式”app，是一款能让人拥有超能力的软件。性格懦弱的高中生叶秋的无意之中收到了试玩邀请，获得了听见心声的能力，而他的妹妹叶紫也因为被变态杀人狂袭击而受了重伤。叶秋决定用“第二模式”知道对方心声的能力查出真凶。拥有能力的还有艾思和陈子墨。
尹深是超人气阳光少年组合FLY的舞蹈担当，因其不按套路出牌的性格，常常在招黑同时却又能不经意触到大众的High点和笑点。相比较每每招黑过后，山一般碾压的舆论，以及常常对FLY团造成负面影响的尹深，FLY团容貌秀美的主唱和创作担当梵允诺和FLY团沉稳冷静的团长和全能担当流莲在团里显得异常“普通”而又可靠。但如日中天的FLY团也有自己的忧愁，像是成团许久没有自己的代表作，允诺一直想出自己的个人专辑，流莲拼命努力想要在演艺圈占有自己的一席之地等等。就在所有团员都有着自己发展打算的时候，势不可挡的BH团与新晋团体4s团开始活跃在大众视野中，眼看FLY团的顶级地位即将被威胁，三人会如何化解眼下的人气危机呢？
男主林缺醒来，发现自己身处于一个垃圾桶里，“这是发生什么事了？”起身一看，一个大叔正在角落里尽情挥洒着青春，好奇的林缺走上前去想要问个究竟，谁料大叔突然扭头！“这个大叔不是人！！”张着大嘴的大叔想要袭击林缺；正当林缺极度惊吓摊坐在地准备领便当的时候，一把剪刀阻挡了怪物，劫后余生惊魂未定的林缺突然扭头！发现一个漂亮姐姐站在他的身后，红色瞳孔映出了林缺惊魂未定的面庞，“我叫红叶，这是一个异能的世界，想要生存下去，就必须学会适应！”
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
