《钢铁飞龙2》讲述的是曾经被奥特曼打败或驱逐出地球的外星人，再度入侵。有翅膀硬了回来找奥特曼寻仇的，有越狱报复地球的，还有来刷存在感的。而这些外星人都具备各式各样的能力，地球再度陷入危机。关键时刻，钢铁飞龙小战队挺身而出，与正在归来的奥特曼一起，为保护地球安危而战斗。
本作为原创动画，将描绘游戏原作的遥远未来。故事以「グランシード学院」为舞台，以新世代的学生ネモ和ファリア两人为中心，讲述与不知名的「英雄」定下了契约的少年ネモ，在一次讨伐边境时与「グランシード学院」的学生会会长ファリア相遇，进而展开的原创故事。
