影片片名致敬了小说家吉野源三郎在1937年发表的同名著书，但电影故事完全由宫崎骏原创。讲述二战后丧母的少年牧真人与一只会说话的蓝鹭相遇，展开不可思议的冒险旅程。
迪尔（冈本信彦 配音）是一位小有名气的冒险者，拥有冷静的头脑和强健的体魄，以及无量的前途。一次偶然中，正在执行讨伐魔兽的任务的迪尔，在森林里邂逅了脏兮兮又可怜巴巴的女孩拉缇娜（高尾奏音 配音），虽然拉缇娜是魔族的后代，但是迪尔不忍心看到她孤身一人无家可归，于是决定收养她。就这样，拉缇娜成为了迪尔的养女。 拉缇娜的存在让深藏在迪尔体内的父性彻底的爆发了。而善良可爱的拉蒂娜也很快就交到了好朋友——拥有领袖气质的克洛伊（桑原由气 配音）、外表年幼内心成熟的希尔维亚（高野麻里佳 配音）、正直勇敢的鲁迪（田村睦心 配音）。
正值万圣节之际，东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼，身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时候，突如其来的暴徒向佐藤扑去！高木为了保护佐藤而受伤，好在性命无忧。可这时映入佐藤眼里的，是三年前爆炸事件松田阵平殉职时出现的死神的幻影，这一次出现在了高木的身上。 与此同时，那场连续爆炸事件的犯人越狱了！这是巧合吗？ 这个犯人同时也是公安警察降谷零(安室透)宿命的敌人，因为他害死了自己的同学松田。在即将追到犯人之际，突然出现了一个神秘的变装人物，给安室装上了项圈炸弹。为了解除项圈炸弹，柯南赶到了安室潜伏的地下避难所。柯南从安室口中得知了另一桩事件——三年前，安室和警校同学(现已亡)在涉谷遇到了身份不明的变装炸弹犯「普拉米亚」。 然而这时，危险已经开始笼罩搜查中的柯南等人……
故事讲述生活在日本九州田舍的17岁少女・铃芽遇见了为了寻找“门”而踏上旅途的青年。追随着青年的脚步，铃芽来到了山上一片废墟之地，在这里静静伫立着一扇古老的门，仿佛是坍塌中存留的唯一遗迹。铃芽仿佛被什么吸引了一般，将手伸向了那扇门… 不久之后，日本各地的门开始一扇一扇地打开。据说，开着的门必须关上，否则灾祸将会从门的那一边降临于现世。
