ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
女孩凯莉亚在父亲工作的油棕园救出一只小婆罗洲猩猩；同时，开发商大举侵占丛林，使原住民流离失所，凯莉亚的表弟也为避祸前来同住。在一次争执后，表弟带着小猩猩负气离开，为了找回家人，凯莉亚决定冒险进入丛林。但在深处等待她的，不只有未知的危险与挑战、被都市人淡忘的信仰与习俗，还有家族中一段从未被揭开的记忆。
