ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
三年之约后，萧炎终于在迦南学院见到了薰儿，此后他广交挚友并成立磐门；为继续提升实力以三上云岚宗为父复仇，他以身犯险深入天焚炼气塔吞噬陨落心炎……
菜月昴（小林裕介 配音）是一位平凡的十七岁高中男生，某日，离开便利店准备回家的他突然被召唤到了异世界。人生地不熟的菜月昂很快就遇到了麻烦，在此危急时刻，名为爱蜜莉雅（高桥李依 配音）的神秘少女带着灵猫帕克（内山夕实 配音）出现在了菜月昂的面前，成为了他的救星，为了报答少 女的恩情...
