ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
在一个架空世界里，有一小群秘密存在着的“特殊能力者”，简称特能人。他们不会在普通人面前暴露自己，并通过一个自治组织——异控局，对各种特能造成的非自然事件进行管理，维护社会秩序。然而随着时间推移，特能人之间也出现了立场分化。有人想要守护和平维持平衡，有人想利用特能攫取私利。矛盾，一触即发。
故事发生在椚丘中学三年E班，表面上，这是一个普通的班级，然而实际上，这里聚集着的均是技艺高超冷酷无情的杀手。每一年，他们通过特殊渠道接收着来自世界各地的暗杀任务，替各国首脑“排忧解难”，而这一次，他们有了一个统一的目标——刺杀班主任杀老师（福山润 配音）。 杀老师是一个神奇的存在，它的外表并非人类，却有着及其敏感的神经和及其迅速的反应力，没有人知道它从哪里来，也没有人知道，它为何会变成三年E班的班主任。因为想要毁灭地球，杀老师成为了暗杀名单上的高价悬赏人物，而作为三年E班的学生，只要成功消灭杀老师，即可毕业。就这样，围绕着这位神秘的老师，充满了危险的日常就此展开。
东方青苍大战后重返苍盐海，竟落入孔雀军师的陷阱，一波未平，一波又起，另一边，战神赤地频繁现身于小兰花的梦境之中，所为何意？东方青苍与小兰花的冤家旅程行至半途，游离于三界之外的影三界进入众人视野，一个关乎三界平衡的巨大隐秘逐渐浮出水面。
童年时一次看电视转播的经历，在少年日向翔阳（村濑步 配音）的心中种下了排球的种子。他在初中时代是排球部的主将，可是人丁寥落的排球部始终没有起色，唯一一场比赛也以惨败告终。在此之后，他终于如愿考入梦寐以求的学府乌野高中，并加入了该校的排球部。当年翔阳在电视上看到的正是乌野 高中的比赛，如今这个学校的排球却正面临着衰败的命运。与宿命的对手和好友影山飞雄（石川界人 配音）聚首于此，心怀排球梦想的少年们将团结一心，带领着乌野这名王者再度振翅高飞…… 本片根据古馆春一的漫画原作改编。
