《茶啊二中第六季》时间线来到初三，欢乐的校园日常仍在继续，孩子们迎来了老师、家长们更多的“关爱”，也面临着新的成长挑战，这一季中，大家在校园和家庭生活过程中发生的点滴小事里，凝聚了师生情、友情、亲情的力量，展示了一群平凡却又特别的初中生有笑有泪、真挚动人的青春成长故事。
被孤儿院赶出、濒临饿死边缘的少年中岛敦与一群风格奇异的男人们相遇了。
结城梨斗（渡边明乃 配音）尽管沉默寡言，但拥有一颗温柔善良的内心。内向的他暗恋名叫西连寺春菜（矢作纱友里 配音）的女孩，然而，他选择了把真挚的感情藏在心底，只是偷偷看着她已解相思之苦。 终于，梨斗再也无法抑制内心的感情，他鼓起勇气，决定向春菜告白，然而，一连串意外的发生让他的告白对象变成了名为菈菈（户松遥 配音）的女子，更加匪夷所思的是，菈菈的真实身份竟然是戴比路克星的外星公主。就这样，梨斗开始了和菈菈“斗智斗勇”的生活，随之而来的不仅仅是接踵而至的各路麻烦，竟然还有尾随菈菈而来的危险外星杀手，面对这样的险境，梨斗还能愉快的玩耍吗？
为探究石化之谜，千空准备启程至石化发生源南美洲，他们促进了当地农耕和畜牧技术，并建造了帆船。千空率领成员出航前往百夜等人曾经居住的岛屿，与岛上的统治者荆棘及其部下交战，并夺得石化装置、取得胜利。位于石神村的琉璃用无线电向千空询问进展，但通讯却遭到拦劫，拦截者以千空的声音发出了足以将整个地球石化的石化装置启动指令……
