该片讲述秋季之后的故事，从原作漫画第7集的剧情接续下去。除了小野寺小咲的妹妹小野寺春、小野寺春的好友小风和从美国飞来的宝拉·马可伊之外，其他还有千棘的母亲桐崎华等个性鲜明的新人物也将陆续登场。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
喜欢珠宝配饰的女高中生·瑠璃，想要买水晶项链却受限于妈妈的经济制裁，于是突发奇想到以前常采野菜的山中寻找水晶，还真的发现了原生的水晶矿石·!! 神秘又惊叹连连的矿物收藏世界，无论是山脉、河流、洞穴，哪里有宝藏就往哪里去!
The ninja turtles are back! But with a TV show. When the Turtles get accepted as humans, and go to high school while being heroes, they are now being pressured Of Doing both things at the same time. With the OG villain of the 1987 TV show, the turtles also have to fight the Shredder.
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