举办开国祭并与各国缔结邦交的魔国联邦，开始朝着实现人类与魔物能够共同生活的世界「人魔共荣圈」迈进。跨越种族之间的隔阂，携手走向繁荣的魔国联邦。然而，在这背后，也有人将魔王利姆路的崛起视为危险。其中包括西尔特罗斯王国五大老之首的前「勇者」格兰贝尔・罗素，以及他的孙女玛玛莉安贝尔・罗素。高举以支配来守护人类主张的格兰贝尔与玛莉安贝尔策动谋略，并与利姆路正面冲突。另一方面，在黄金乡艾尔多拉德，魔王雷昂也为了某个目的开始行动。 身为人类守护者的勇者，与支配世界的魔王。在各种盘算交错之中，一名「勇者」正准备苏醒—— 怀抱着无法退让的意念，利姆路的下一场战斗即将展开。
高中毕业之后，北原伊织（内田雄马 配音）顺利的进入了大学，即将展开崭新的大学生活。为了上学，北原来到了一座坐落在海边的城市里，和内陆城市完全不同的海洋气候使得北原对未来的生活充满了憧憬和希冀，同时也使他开始接触潜水这项有趣的运动。 个性活泼开朗略微有些强势的古手川千纱（安济知佳 配音）、温柔体贴实际上对妹妹千沙充满了强烈的占有欲的古手川奈华（内田真礼 配音）、时常顶撞北原但其实对哥哥充满了兴趣的傲娇少女北原栞，在这里，北原很快就结识到了一帮志同道合的好友们。加入了潜水部的北原，又会在这项运动中找到怎样的意义呢？
她们是生前来自不同时期的少女，集结成为特别的偶像团体，目标只有一个：唱吧！跳吧！战斗吧！现在，少女们卷土重来，再次登上了舞台！
在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。 随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。 随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……
故事讲述在町田的住宅地附近，由于大范围的地盘下沉产生了巨大的“穴”。同时，居住在当地的185家人家无一例外地被残忍的杀害。迷一般的恐怖杀人事件一件一件发生，怎么看也不像是人类乾出来的，却一点线索也没有。这些事件似乎和一个迷之老人以及一个被称为禁忌之遗物的“ドゥルジ之箱”有着什么关联。过了5年，近未来的东京。表面上看上去是座繁荣的巨大都市，实际上却已经走向了毁灭的边缘。两极化，犯罪都市。町田惨剧中唯一一个生还者申道兰丸，为了寻找事件的真相成为了警察。然后，新的案件还是在涩谷发生了。有报道称，这是一个吸毒者的狂暴案件，但在申道等警察赶到现场时，眼前清楚的看到正在蹂躏人的妖兽。上前救人的是特殊机动搜查队2课，特殊公安部，通称“特公”的队员，六条樱她们。她们的武器既不是枪也不是警棍，而是用来斩杀妖兽的太刀。申道终于明白日本将在2年内毁灭，于是走上了和妖兽战斗的悲惨道路……
