女高中生铃木的个性开朗、交友甚广、擅长察言观色,是班上的中心人物之一,她喜欢的对象是坐在自己隔壁的男同学谷,而谷的个性与铃木恰恰相反,他内敛沉稳、有主见、待人一视同仁。铃木一直无法鼓起勇气告白,直到某日一个偶然机会,两人放学回家时走在同一条路上,并因此牵起了手。之后两人相互倾诉对彼此的好感,并开始交往,而同学们虽然感到讶异,但也都很支持两人的恋情。
故事以一連串女高中生離奇死亡的事件開始,深陽學園2年C組的女學生宮下藤花原來隱藏著「Boogiepop Phantom」的第二重人格,行為奇異,究竟宮下是否這些死亡事件的主谋? 「Boogiepop Phantom」到底是都市中傳說的死神,還是正義的使者?