“你，来当我的助手吧” 容易被卷入麻烦的少年·君塚君彦，在飞行于一万米高空的客机中，成为了与“世界的敌人”作战的“名侦探”少女·希耶丝塔的助手。 在那之后，两人在长达三年的时间里飞遍世界各地，展开了令人目眩的神奇冒险，然后在激斗的最后——经历了生离死别。 希耶丝塔死后过了一年。 在独自活下来的君塚身边，出现了一位自称是委托人的少女·夏凪渚。 接受了她的委托而再次成为助手的君塚，终于触及了“名侦探”死亡的真相——。 然而，接触到真相后，君塚等人逐渐知晓了。 完美无缺的名侦探所犯下的失误。 以及继承“名侦探”遗志的真正含义。 侦探已经，死了。 死亡的真相也已揭晓。 但是，距离尾声还为时尚早。
自从超大型巨人出现，人类的和平与幻想被打破的那天开始，艾伦·耶格尔无尽战斗的日子就未曾中断……。
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混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化……与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
在宇宙纪年16902年，浩瀚的宇宙中有一颗”阿德里星”，在那里发现一份威力奇大的特殊能源，为宇宙其他星球所觊觎，几方势力争夺不休。为防止给”阿德里星”带来灾祸，”阿德里星”的历代战神在“地星”建造了一个深海迷城，把能源埋藏其中，更将开启海底迷城的钥匙分成五块碎片，设下五大谜题以阻挡邪恶之人。 4000年以后，现任战神---伽罗和好朋友小心超人为追捕盗窃的怪兽，被引到这个“地星”，还卷入了一件“神秘湖水怪事件”中。期间，他们结识一个正在神秘湖寻找失踪朋友的少女莉莎，并一起解决了水怪之谜。然而，伽罗却发现这一切和阿德里星有千丝万缕的关系，于是，大家踏上了调查五大谜题之旅。
