《雄兵连》系列是国内首部3D军事科幻题材动漫作品，《雄兵连3雷霆万钧》为该系列故事最新续作，剧情承接上一季，讲述地球与天使阵营结盟，共同对抗外星恶势力的故事。
藤宫周所住公寓的隔壁，住着学校第一的美少女椎名真昼。两人原本并没有什么瓜葛。有一天，周看到她淋在雨中，把伞借给了她。此后，两人开始了不可思议的交流。 真昼看不下去周自甘堕落的独居生活，帮忙做饭、打扫房间，在各个方面都照顾着周。 真昼渴望家庭间的关系，逐渐敞开心扉开始撒娇，而周却不能完全带着自信接受她的好意。两人尽管不坦率，但还是一点一点缩短着距离……
人世间存在着大大小小的谜团，当这些谜团被解开之时会释放出或强或弱的能量，食脑奈罗（子安武人 配音）就是专门食用这些能量的魔族，当魔界再无可以解开的谜团之后，他来到了人世，只为了寻找那能够满足他的极致的谜团。 桂木弥子（植田佳奈 配音）是一名拥有着悲惨过去的高中女生，她的父亲死于非命，然而凶手至今未被找到。命运让充满了谜团的弥子和憧憬着谜团的奈罗相遇了，在奈罗的帮助下，弥子终于解开了事件的真相。之后，奈罗和弥子开设了魔界侦探事务所，弥子虽为名誉上的所长，但真正运转侦探社，解开谜题的却是拥有着恐怖魔人力量的奈罗，两人联手解开了一系列匪夷所思的案件，使得黑暗的人性在光天化日之下无处遁形。
存在感薄弱的高中生织田晶，有一天突然和同班同学一起被召唤到了异世界。全班人因召唤都被赋予了开挂能力，晶也如奇幻小说的标准剧情一般获得了暗杀者的力量——到此为止都还是在预料之内的，然而问题是身为区区暗杀者的晶的属性数值居然轻松就凌驾于作为同班同学的勇者之上？！ 而且以暗杀者技能发现了主导异世界召唤的国王的阴谋的晶，被安上了冤罪。逃亡到的地点是前人未至的迷宫深层。发誓要向国王复仇的晶为了寻求更强的力量而突进迷宫，并与精灵族神子艾蜜莉亚相遇——。 暗杀者少年与神子少女一同成为最强的异世界奇幻故事，开幕！
有着血红色头发的高中女生阳子一心想做个好学生，得到周围人的认可。然而在她平静祥和的生活背后却是深沉的压抑与掩饰，一夜夜的梦魇给她带来无尽的烦恼与痛苦。一天，一头金发的男子来到她的面前，把她带入了另一个世界，一个充满未知却仿佛故里的地方。 那里有十二个国家，由十二只麒麟选出十二名国王。麒麟生于失身木，他们顺从天意选出具有王气的人，然后以台辅的身份辅佐国王治理国家。当国王失道的时候，麒麟就会得失道之病最终死去。带走阳子的金发男子即是庆国的麒麟，他认定阳子是王，并誓死效忠。阳子的世界发生翻天覆地的变化，历经磨难和内心的挣扎，她最终站在登基塔上接受了天赦，成为景王！
