故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
全新《三国杀》大奖挑战赛横空出世，因人陷害禁赛两年的天才选手郭小野再度挑战巅峰。为了证明自己找回初心，和自己的本命武将郭嘉过关斩将，却在比赛中发现了骇人阴谋——游戏中的伤害竟然能传递给现实中的玩家！
樱井雪乃（柚木凉香 配音）和樱井奏（生天目仁美 配音）是一对双胞胎，两人自打出生起就从来没有分开过，彼此间的关系之亲密可想而知。如今，升上高中的两人依然享受着充满了平静和幸福的“二人世界”，哪知道，一个名叫神山咲夜（加藤英美里 配音）的女孩子的出现将姐妹两人的日常生活给 搅乱了。 奏发现，咲夜似乎和雪乃走得很近，奏误以为两人之间产生了情愫，克制住了内心的失落，奏决定避开雪乃，为他们制造一点私人空间。就这样，一直都是形影不离的姐妹两人渐渐疏远，在此过程中，雪乃终于意识到了自己心中深藏的对于奏的感情，一番波折之后，两人终于互相表白了心意，从此幸福的生活在一起。
