该剧主要围绕于愤世嫉俗的疯狂科学家瑞克·桑切斯和他容易受挫折的外孙莫蒂·史密斯在自己的生活和其他异空间穿梭的奇妙冒险。
平凡小镇，生活在五口之家的普通小学生高町奈叶（田村由香里 配音）与好友月村铃鹿（清水爱 配音）和爱丽莎·巴尼斯（钉宫理惠 配音）过着无忧无虑的生活。这一日，她们偶然发现一只类似水貂的动物尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰）。受伤的尤诺得到奈叶等人的救助，谁知接下来小镇便连续出现各种怪物。在尤诺的帮助下，奈叶利用Rising Heart变身成为魔法少女，击败了入侵的怪兽，并且得知关于能量结晶快Jewel Seed的秘密以及自己的使命。此后的日子里，她为了成为合格的魔法少女背着好友们展开修行。这一晚，神秘魔法少女菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）突然出现，与奈叶展开激战。 她们之间的夙缘由此展开……
入间和问题儿童班等人课题所经历的新试炼――那就是一年级最终实绩战斗，进入魔界巨大丛林中确保食物的竞技“收获祭”！班级的同伴都互相成为了肉搏战与谋略战的对手！？带着弓展现出凛然表情的入间，以及掌握着入间成长钥匙的新角色「巴巴托斯·拨子」闪亮登场。和问题儿童们站在一起被谜团包围的一年级生「欧若博思·可可」，将在收获祭成为问题儿童们的对手！？少年魔王决定战，收获祭即将开始！！
