在《剧场版物怪：唐伞》的激烈对决后不久，卖药郎（神谷浩史配音）再次现身，这次他来到了大奥的内庭。先前事件过后，这里正经历一场动荡。出身名门的女子大友牡丹（户松遥配音）接替歌山成为新任总管，并开始推行一种严谨而平衡的领导方式。这种高压政策逐渐加剧了她与曾受天皇（入野自由配音）宠幸的资深花魁富贵（日笠阳子配音）之间的关系日益紧张，两人之间的裂痕日益加深。天皇的妻子有希子皇后（种崎敦美配音）所生的皇子即将选定监护人，一场突如其来的事件却彻底颠覆了富贵的命运。她产下了一个被视为“不祥之子”的婴儿，被年长重臣大友（堀内贤雄配音）视为威胁，从而成为一场权谋阴谋的目标。在男权体制编织的权力之网中，利益冲突与掩盖真相的手段迅速失控。与此同时，奇怪的事件接连发生，人们无故自燃，瞬间化为灰烬。卖药郎怀疑是物怪作祟，展开调查。然而，他所面对的，是一种神秘而不断变化的群体性威胁。这个物怪的真实身份，正是火鼠（日根住配音）之子。他们不仅攻击人类，还似乎在寻找自己的母亲，然而，这位“母亲”始终不肯现身。火鼠为何专门针对那些伤害新生儿之人？又是什么样的悲剧，让她悲痛至极、自焚不止？卖药郎深入大奥之中，揭开层层黑暗，追寻斩除物怪所需的三大要素：“形”、“真”与“理”，誓要揭示真相，平息灾祸。
故事发生在1924年的圣瓦尔贵族子弟寄宿学校玛格丽特学院，转学生久城一弥（江口拓也 配音）刚刚来到学校，就因外表而被称为不详的“黑色死神”。实际上，一弥是个老实又木讷的男孩，可正是这样的性格使他总是轻易的会被卷入难以用常理来解释的怪奇事件中。在一次杀人事件中，一弥遇见了身材娇小一头金发的少女维多利加（悠木碧 配音），这个谜一样的少女以其高超的智商帮助一弥脱出了险境，两人的羁绊也从此开始了。 在这个校园里，流传着许许多多耸人听闻的灵异事件，而在这些事件的背后，作祟的究竟是鬼怪还是人类，这个问题的答案就要交给一弥和维多利加去一一破解了。
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
真城最高（阿部敦 配音）是一个在绘画方面极有天赋的少年，年纪虽小却已经获得了大臣的认可和赏识。可是，从事漫画行业的叔叔之死让他放弃了创作漫画的梦想，封闭起心灵，过起了得过且过的放浪生活，直到好友高木秋人（日野聪 配音）出现在了他的面前。 秋人的梦想是成为一名漫画家，可是，在文学创作上独树一帜他却对漫画一窍不通，在得知了高城的过去后，他向高城发出了邀请：“我写剧本，你创作，让我们成为漫画家吧！”虽然高城心里有千百个不情愿，无奈自己暗恋同班同学亚豆美保（早见沙织 配音）的把柄抓在秋人手上，就这样，两人踏上了成为漫画家的修罗之路，而高城对漫画的热爱也慢慢的被重新点燃了。
在经历革命后的新富饶时代，导力器技术相当发达，利用导力器技术所研发出来的各式各样的机械产品，为人们带来了便利的生活。渐渐地，导力器技术成为了能量的核心，也成为了日常生活中无可替代的存在。与此同时，部份强国也开始研究导力器兵器，策划争夺大陆霸权的战争，因而衍生出各种混乱，「游击士」随之而生。游击士是在大陆各地开设支部据点的工会，他们以保护民众安全与地域和平为第一目标，并派遣游击士消灭魔兽、打击犯罪；站在中立的角度，处理国际之间的纠纷。故事以被埃雷波尼亚帝国及卡尔瓦德共和国所包围的利贝尔王国为主舞台，少...
