令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
汉朝末年，董卓挟天子以令诸侯，战神吕布为其征讨，四方群雄并起。而大势决断，竟尽出一家之手，水镜门下八奇，谋冠天下。就在此时，一个神秘的刺客跟随他的商家主人悄然走进这个时代，牵出群英纷争，乱世无常……
五河士道只是一名普通的高校二年生，然而在四月十日，随着一场奇怪的大爆炸（空间震），意外的与一名身穿盔甲手持大剑的神秘少女相遇。这名少女的正是所谓的“精灵”，是会给世界带来灾难的存在，因此这名少女也正遭到对“精灵部队·AST”的攻击。于是，有着会去帮助有困难、有悲伤的人的温柔性格的士道，主动提出要与精灵进行交涉的任务，随后，士道发现了自己拥有的特殊体质，那就是可以通过接吻，来封印（吸收）精灵力量的能力，并且将精灵受到致命伤恢复再生的能力。
