在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
拥有独树一帜力量的战争之神——格雷。某一天，他一如往常地进入梦乡，醒来后却来到了充满各种魔法和怪物的新世界，转生成一位叫做「亚瑟」的孩子。无法追查上辈子死亡的真相，但比起活在过去，他不断努力适应这全新的生活。随着年龄的增长，亚瑟的能力也渐渐觉醒，并开启了与新伙伴的冒险…！
在遥不可及的远古年代里，人类与神曾经共存于同一片大地，分享一样的天空世世代代，千百年来当每一个人都对神敬畏膜拜。当每一个人都认为受神劳役是理所当然的事，他选择了一条不一样的路他，要以凡人的身份向众神挑战...
距离人类移居到新的基地火星已经过了50年。这个时代中大多数的文化均由AI创造，人类只需要享受即可。有一位女孩，在首都阿尔巴市努力生活，在工作之余的空闲时间努力成为一名音乐家，她总觉得缺少些什么。她的名字是Carole。有一位女孩，出生在赫舍尔市的富裕家庭，她的梦想是成为 一名音乐家，但是周围却没有人能够理解她的想法，她觉得自己是全世界最孤独的人。她的名字是Tuesday。 一个机遇促使两人相遇。她们希望歌唱。她们希望放声。如果是两个人一起的话，她们就觉得有机会能做到。她们也许只会掀起微小波澜，但这微小的波澜却可能会化作巨浪...
没有比飙速更闪耀的明星了。他既是赛道上的冠军也是街头的英雄。遇上麻烦的时候，大家都会找他帮忙，因为他们知道其它卡车办不到的，飙速可以办到。他是镇上最快的旋风卡车 - 有着惊人的速度！凭借着丰富的科学知识，飙速能够赢得任何挑战。当遇到艰巨问题时，他可以变身为任何你想得出来的机器并解决问题。
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