乱世之下，妖祟横生，奸佞当道。又值幽界入侵，人、幽两界势力荼毒人间，捕蛇者许应因看不惯为幽界卖命的草头神欺压百姓，反抗犯下弑神之罪，又出手打死了不作为的朝廷官员，遭两界势力追杀，开启了逃亡的生涯······
位于大陆中央的一个大国。那个国家皇帝的妃子们住的后宫中有一个少女， 名字叫猫猫。 之前在花街当药师，目前在后宫工作中。 某日，她听闻皇帝的孩子们很短命的传言，现在的两个儿子都因病而日渐虚弱，出于兴趣猫猫开始调查这件事的原因，就像是在说不可能有这样的诅咒。 美型的宦官——壬氏，安排猫猫去做皇帝宠妃的试毒者。 虽然对人类没有兴趣，但出于对毒与药异常的执著，在花街长大的药师就这样被卷进了各种流言和事件。 美丽的蔷薇长着刺，女人的花园里到处是毒，总是少不了的流言与阴谋。 尽管麻烦，猫猫还是处理着壬氏不断地推给她的各种工作。 难得一见的爱毒少女今天也在后宫里跑来跑去。
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
