故事从高中女生佐仓千代（小泽亚李 配音）的一场告白开始，她的暗恋对象是与自己同年级的男生——身高一米九、男子气概十足的野崎君（中村悠一 配音），而告白的结果居然是得到了他的亲笔签名。正当千代为自己的告白台词“我是你的粉丝”引起了误会而感到苦恼时，野崎君居然直接邀请千代回家。她又紧张又期待，谁知道等待着她的是一堆漫画原稿，她糊里糊涂地当起了漫画助手。千代这才知道，自己的心上人野崎君原来是知名少女漫画家。 虽然作品以描绘细腻的少女心思著称，野崎君本人却意外地神经大条，而且完全没有恋爱经历，他的漫画角色原型来自身边的朋友，而这些“原型们”，尽是些极具反差萌的家伙…… 本动画改编自日本漫画家椿泉所创作的四格漫画作品。
人类消失后，地球经历了漫长的岁月。 位于日本首都东京银座的「银河楼」酒店，至今仍在营业中。 工作人员是以酒店机器人八千代为中心，在各个部门工作的员工机器人们。它们一边等待老板的归来和再次迎接人类的时刻，一边在没有住客的酒店里专心致志地工作，这样的日子仿佛永无止境。 而对于这样的八千代等人，现在，小小的奇迹即将发生——
酒吧遇上的陌生男子竟然赖上了自己！怪就怪惹了不该惹的人，纠缠复杂的感情生活真的好难啊！她以为自己遇到了此生挚爱，他以为自己可以给她完美无缺的人生。可命运总是爱开玩笑，兜兜转转，到头来，谁又是谁的真爱？谁又会成全了谁的幸福。如果可以，她情愿早些遇到他。如果可以，他情愿早些爱上她。
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
“瞧一瞧看一看，暗芝居表演开始喽~” 伴随着稀疏冷清的鼓声，江湖艺人（津田宽治 配音）鬼魅的吆喝声再度响起，充满好奇心的孩子从四面八方聚过来，一同观看哪一个有一个让人胆战心惊并且回味起来已经冷汗直冒的恐怖故事。承接第一季，《暗芝居》的故事继续以洋片（紙芝居）的表现形式讲述短小精悍的恐怖故事，而此次制作阵容得到壮大，在恐怖领域占有重要席位的清水崇（《咒怨》）、井口升（《无限富江》）等导演相继加盟，无疑提升了本作第二季的恐怖指数。片尾曲方面，初音带来的《四十九日目》，其邪典气息不逊于前作。此外，官网依然不定期提供恐怖短篇小说，让爱好者们继续在幽暗的世界里徜徉。
