在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
高中女生佐仓千代（小泽亚李 配音）的暗恋对象是与自己同年级的野崎君（中村悠一 配音），她鼓起勇气告白的结果居然是得到了他的亲笔签名。正当千代为自己的告白台词“我是你的粉丝”引起了误会而感到苦恼时，野崎君居然直接邀请千代回家。她又紧张又期待，谁知道等待着她的是一堆漫画原稿，她糊里糊涂地当起了漫画助手。千代这才知道，自己的心上人野崎君原来是知名少女漫画家。虽然作品以描绘细腻的少女心思著称，野崎君本人却意外地神经大条，而且完全没有恋爱经历。他的漫画角色原型来自身边的朋友，而这些“原型们”，尽是些极具反差萌的家伙。 本剧为同名TV动画的特典，故事依然围绕着七位萌点满满的主角的日常展开。
塔罗、蒸汽朋克、超能力……周明瑞自异世界而来，加入了这个以疯狂与恐怖为底色的世界，成为了“克莱恩”。
裁判官死后，幽灵号船员和其他义军单位取得了联系，一位名叫阿索卡的新盟友出现了。但随着邪恶的达斯·维德来到洛塔，局势再次紧张起来。
故事发生在七森中学中，茶道社因为人气不佳最终面临闭社的悲惨命运，单纯天真懵懂无知的赤座灯里（三上枝织 配音）、开朗热情的暴走少女岁纳京子（大坪由佳 配音）、沉默寡言但却是吐槽担当的船见结衣（津田美波 配音）和看似可爱人畜无害实则十分腹黑的吉川千夏（大久保瑠美 配音）四名女生占据了茶道社的活动教室，在这里另起炉灶成立了娱乐部。故事的序幕就此拉开。 娱乐部的存在竟然引起了学生会的注意，身世神秘的会长松本理世（后藤沙绪里 配音）和傲娇不坦率的副会长杉浦绫乃（藤田咲 配音）的介入让本来就热闹的社团生活增添了一份欢乐。
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
