在渺远神秘的银河系中，有一个由各种智慧生命体组成的最高组织，名为“宇宙联邦议会”。这个议会的中心位于银河系边缘的五行星。五行星的居民不仅在外貌上与众不同，他们的文明程度和科技能力也令其他星球的生物难以企及。五行星的居民凭借对宇宙基本法则的深刻理解，灵活运用“五行”原理，使他们在宇宙中显得极为强大，可以说是超级宇宙人。通过这种高度发达的科技与哲理，他们掌握着宇宙的许多秘密。 作为宇宙联邦议会中具有悠久历史和巨大影响力的星球，在最近的一次议会上，五行星获得了宇宙联邦议会下属的“恒星发展指导审议会”的重大批准。他们通过了一项重要的议案——《加速开发被其他生物支配的星球》。这个决定标志着五行星的居民将开始积极介入其他星球的事务，以达到他们的目的。而他们的下一个目标直指地球。五行星居民计划利用他们的先进科技和智慧，以某种方式逐渐操纵人类的思想与行为，试图引导地球向五行星的文明模式发展。这个过程充满了复杂的未知因素，也将为地球的未来带来深远的影响。人类在这一过程中将面临前所未有的挑战与机遇，整个宇宙的格局也因此可能发生巨大的转变。
飞弹伤无（赤羽根健治 配音）表面看来是一个非常平凡的男孩子，在姐姐飞弹怜悧（衣川里佳 配音）的安排下，他进入了战略防卫学园阿塔拉克西亚学习，这里生活的女孩们都拥有着各自的魔导装甲，希望能够通过学习如何操纵它们来成为一名合格的战士。 实际上，飞弹伤无拥有着一项特殊能力，那就是通过触摸女孩们的身体来增加她们的装甲的威力。外冷内热嘴硬心软的千鸟渊爱音（影山灯 配音）、热情奔放身材傲人的优莉西亚（赤崎千夏 配音）、风纪委员姬川映流（长妻树里 配音），在学园里，飞弹伤无很快就交到了朋友。
作为动画3期的先行，以《摇曳百合：暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话，内容则是2014年11月上映的《摇曳百合：暑假时光》的后续
