男主林缺醒来，发现自己身处于一个垃圾桶里，“这是发生什么事了？”起身一看，一个大叔正在角落里尽情挥洒着青春，好奇的林缺走上前去想要问个究竟，谁料大叔突然扭头！“这个大叔不是人！！”张着大嘴的大叔想要袭击林缺；正当林缺极度惊吓摊坐在地准备领便当的时候，一把剪刀阻挡了怪物，劫后余生惊魂未定的林缺突然扭头！发现一个漂亮姐姐站在他的身后，红色瞳孔映出了林缺惊魂未定的面庞，“我叫红叶，这是一个异能的世界，想要生存下去，就必须学会适应！”
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
屯田林宪三郎，一名有妻有女、还有点宅的52岁公务员。某天，他在路上为了拯救小孩而被卡车撞到，失去意识，醒来时发现自己变成了金发纵卷的公爵千金·格蕾丝．奥弗涅的模样！看来自己成为了女儿在玩的女性向游戏《魔法学园爱＆魔兽》里登场的“反派千金”，宪三郎理解到自己遭遇到所谓的异世界转生。在那样的格蕾丝＝宪三郎的面前，游戏原本的主角安娜出现了……！？
