故事发生在位于东京郊外的私立八光学园之中，这所学校致力于培养高贵纯洁的千金大小姐并因此远近闻名。然而，令众人都无法相信的是，自2011年4月起，这所从未被男子所踏足过的圣殿，竟然开始招收男生，而以藤野清志（中川大志 饰）为首的五个男生成为了这所学校历史上的首批男子学员。 在诸葛岳人（柄本时生 饰）、若本真吾（矢野圣人 饰）、安德烈（坂本祐介 饰）和根津让二（宫城大树 饰）的怂恿之下，藤野清志决定和他们一同去偷窥女澡堂，然而很快就落网的四人当然遭受到了来自于校园内部神秘组织“里学生会”的惩罚。他们被监禁在“监狱”之中，每日都要受到会长栗园万里（山崎紘菜 饰）等学生会骨干的“折磨”和“蹂躏”。
克莱恩（愚者）在灰雾之上召开塔罗会时，聆听到了新的祈求。他将祈求者戴里克从神弃之地白银城拉上灰雾，通过戴里克的讲述了解到了这个神秘城邦白银城的故事。戴里克希望愚者可以帮助自己，拯救白银城，愚者予以了正向回应，并让戴里克从22张塔罗牌中选择自己的那张，戴里克选择了“太阳”作为自己的代号。之后，“倒吊人”阿尔杰提出了自己的交易需求，需要“正义”奥黛丽运用自己的人脉尽可能的在鲁恩国首都贝克兰德收集海盗七将军之一——齐林格斯的信息。并希望能获得愚者的帮助杀了齐林格斯。为此奥黛丽结识了佛尔思、休这二位非凡者，帮助寻找齐林格斯。最终，克莱恩找到自己的老师阿兹克，并借他的力量帮助塔罗会的各位完成了此事。
故事发生在圣阿斯玛利亚女子学园中，在这里学习和生活的孩子们都是出生高贵的贵族子女。我们的主角是一个名叫牡丹（松㟢丽 配音）的可爱女孩，牡丹并不是含着金汤匙出生的千金大小姐，而只是一个非常普通又有些大大咧咧的可爱女孩。牡丹有一个好友名叫小忍（后藤麻衣 配音）两人之间的感情非常的要好，小忍的性格和牡丹恰恰相反，是个粗线条的天然呆。 就是这样的两人，在误打误撞之中获得了进入学园学习的资格，在学园里，两人遇见了奇怪的女孩子小翁（五十岚裕美 配音），小翁的头顶有一个神秘的天使环，而小翁所产出的被成为“天使之蛋”的甜品也彻底改变了两个女孩的命运。
小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
