沧元界妖邪作乱，人族饱受摧残，主角孟川自小立下为母复仇的誓言，以镜湖道院为起点，凭借坚毅无畏的心志与利落果决的刀法身手，惩处奸恶，溃灭妖族，登顶四大道院，名满东宁府，拜上元初山，成就一代神魔。
有着血红色头发的高中女生阳子一心想做个好学生，得到周围人的认可。然而在她平静祥和的生活背后却是深沉的压抑与掩饰，一夜夜的梦魇给她带来无尽的烦恼与痛苦。一天，一头金发的男子来到她的面前，把她带入了另一个世界，一个充满未知却仿佛故里的地方。 那里有十二个国家，由十二只麒麟选出十二名国王。麒麟生于失身木，他们顺从天意选出具有王气的人，然后以台辅的身份辅佐国王治理国家。当国王失道的时候，麒麟就会得失道之病最终死去。带走阳子的金发男子即是庆国的麒麟，他认定阳子是王，并誓死效忠。阳子的世界发生翻天覆地的变化，历经磨难和内心的挣扎，她最终站在登基塔上接受了天赦，成为景王！
“天才”在被发现后开始塑造其轮廓。此时，天才前锋凪诚士郎的自我正征服世界！！ 把“好麻烦”挂在嘴边的高二学生凪诚士郎，整天过着百无聊赖的日子，直到梦想成为世界杯冠军的同校同学御影玲王发现了他的天赋。在玲王的邀请下开始踢足球的凪，发挥出了超乎想象的足球天赋。某日，他收到了“蓝色禁区”计划的邀请函，等待他的是与洁世一、蜂乐回、糸师凛这些从全国各地精挑细选出来的前锋们的集结。强强激战中，最终，天才凪诚士郎迎来“觉醒”时刻！
从美大毕业的社会新鲜人“石本美希”，为了逃离美术和相处多年的石膏像，决定以毫不相关的行业为就职对象，因此来到位於东京上野的艺能事务所“HOLBEIN”中工作。正当美希庆幸自己刚到职就被推荐成为新人偶像团体的经纪人时，她却没想到自己面对的竟然是由战神“马尔斯”、文青“麦地奇”、美男“荷米斯”及圣人“圣乔治”4人（!?）所组成的潮男团体“石膏男孩”，且他们正如团名所示，正好就是美希所厌恶的石膏像……
小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
中国古典神话传说中的“著名”精怪是如何在现代社会生存下去，他们成为了我们身边有着神仙特色的宅女、暖男、上班族、犬系男友，他们上演着生活中搞笑而怪诞的小故事，关乎快乐、关乎友情，在我们平凡、忙碌的日常构建了不可思议的二次元神仙幻境。
