东京都高度育成高中，是以升学率、就业率100%为荣，每月支付相当于10万日元金钱的梦想学校。但是，其内在是只有一部分成绩优秀者才能得到好待遇的实力至上主义学校。 迎来第3学期，从D班晋升为C班的绫小路等人前往林间学校。在那里实施的是被称为“混合集训”的全年级联合进行的特别考试。就像它的名字一样，按男女分开，必须结成由多个班级人员混合的小组，以该小组为单位进行评分的考试。 如果不与一直以来作为敌人而竞争的其他班级的学生们合作，就无法获得高分，而且最重要的是，在没有达到分数线的小组中将有人退学。 动荡的第3学期即将拉开帷幕！
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
“想洗清嫌疑，方法有很多，语言辩解只是其中的一种，但也是最无力的一种。实力也是一种辩解的方法！” 紫川秀，这位在魔族大营内孤身击杀紫川家叛徒的将领，在远东地区神秘圣庙守护长老的支持下，成为了远东地区数十万联合部队的首领。一位新的远东之王——光明王，诞生了！
过度认真的风纪委员樱大门每日的工作就是，负责开关校门与监督同学们的服装仪容。而他每次都会特别警告的问题学生，就是顶着染过的头发，又穿着迷你裙的小日向。本来很讨厌总是纠正自己的樱大门的小日向，意外地发现樱大门其实是个脑袋僵硬的可爱木头。不只如此，这个学校的委员会成员们个个都问题很大？风波趣事不断的校园生活热闹开演！
「お前、あと一年で死ぬよ」 十七歳の誕生日を迎えた見習い魔女のメグ・ラズベリーは、魔法の師匠であり、魔法界トップの七賢人に名を連ねる『永年の魔女』・ファウストから、突如として余命一年であることを告げられる。 メグは『死の宣告』の呪いにかかっていたのだ。 呪いによる死を免れる方法はただ一つ。手にした者に不死をもたらす、『命の種』を生み出すこと。 そして、『命の種』の材料となるのは、感情の欠片――人が喜んだ時に流す、嬉し涙。 「それで、一体どれくらい涙を集めればいいんですか？」 「千人分だ」 「……はい？」 こうして、メグは嬉し涙を集めるため、様々な人たちと関わっていく。 幼馴染みで大親友のフィーネ。 ファウストと同じ七賢人の一人――『英知の魔女』・祈。 メグと同い年にして七賢人に名を連ねる天才少女、『祝福の魔女』・ソフィ。 これは、余命一年を宣告された未熟な魔女、メグ・ラズベリーが起こす、奇跡の物語。
