1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
“上界之路，千难万险；破灭神国，踏平寰宇。千锤百炼，终将成神！” 罗征为复活挚爱宁雨蝶，踏上前无古人的逆天之路！天羽秘境与天穹生隙反目，却于神弃塔下并肩相守。爱恨难明，红颜淬骨；百炼封神，顺逆由己。飞升上界的罗征，势要挣脱天命枷锁，终成寰宇唯一天命人……然而，天命之外的死劫正悄然降临！
人类和机械生命体决战后过了1000年，地球逐渐从颓废中恢复了过来，但是兵强马壮的巴西帝国又发动了征服世界的战争。 少女伊可儿偶然遇到了1000年前大战中幸存的机动兵器“夏安”，一人一机开始了冒险之旅……
