第三季度围围绕乱世出英雄，来讲述每个已经成熟了的雄兵连战士的英雄故事
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
故事发生在二十一世纪末的日本。魔法，这不是一个传说，而是现代科学的一项技术，它被应用至今已经过了一个世纪。曾经被称为“超能力”的先天具有的能力被以“魔法”这个名字的体系替代，高超的的魔法师被认为是国家的实力力。西历 2095 年的春天，新生入学的季节。国立魔法大学附属第一高校——通称“魔法科高校”，是由成绩优秀的“一科生”，和作为一科生替补的“二科生”所构成，他们也各自被冠上了“花冠（bloom）”，以及“杂草（weed）”之名。就在这样的魔法科高校里，一对兄妹入学了。兄长是，拥有着缺陷的劣等生。妹妹是，完美无缺的的优等生。无论什么事都抱着达观态度的劣等生兄长，和对他抱着作为血亲以上感情的优等生妹妹。随着这两人进入这间精英学校的大门，这平稳的学院，也开始了骚乱的日常。
过度认真的风纪委员樱大门每日的工作就是，负责开关校门与监督同学们的服装仪容。而他每次都会特别警告的问题学生，就是顶着染过的头发，又穿着迷你裙的小日向。本来很讨厌总是纠正自己的樱大门的小日向，意外地发现樱大门其实是个脑袋僵硬的可爱木头。不只如此，这个学校的委员会成员们个个都问题很大？风波趣事不断的校园生活热闹开演！
黒い森の奥深く、 毒キノコのお家にひっそりと、 ルーナという一人の魔女が住んでいました。 彼女が触れたり歩いたりしたところには毒キノコが生えることが多く、 吐く息や皮膚には毒が混じっています。 街の人達は彼女を“シャンピニオンの魔女”と呼びました。 黒魔女として恐れられている彼女に、近づく者は誰一人いません。 ルーナは今日も薬を売るために街へと向かいます。 彼女の薬は万能薬として大人気で、 手にした人はみな口をそろえて感謝の言葉を述べます。 しかし、みな誰が薬を作っているか知りません。 それでもルーナは、今日も薬を作り続けます。 そんなある日のこと。 人の温もりを知らない孤独なルーナに、夢のような出会いが訪れて……。 恋と冒険と感動の魔法ファンタジーが、いま幕を開ける！ ──これは、心優しい黒魔女・ルーナとそれを取り巻く人々の、 それぞれの愛の物語。
