在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
楠木凑成了乡下一座新建宅院的管理员。原本是座有恶灵寄宿其中、非常「不干净」的院落大宅，然而身怀超强驱除邪祟力量的楠木却在不知不觉间将之消灭殆尽！彻底净化过后的楠木邸变得万分舒适宜居，诸多各有个性的神明纷纷为之而来！爱吃甜食的山神、还有毛茸茸的眷族、嗜酒的灵龟……待他察觉到的时候，宅院庭院竟已成了四季如春的神域！？甚至连现代阴阳师都会为了藉助楠木驱除邪祟的力量前来造访……与山神邻居们温馨的山林乐居生活，才正要拉开序幕。
历经百年的时光，将人类与外侧世界隔开的墙壁。据说那堵墙的另一边是一个从未见过的世界。火焰之水、冰之大地、砂之雪原……记载在书中的，尽是些激发少年探究心的文字。时间流转，现在墙壁被巨人毁坏，人类正一步步接近世界的真相。巨人的真实身份是什么？为何墙壁中会埋着巨人？巨人化的艾伦·耶格尔所持有的“坐标”之力是？以及，希丝特莉亚·雷斯究竟知道这个世界的什么事情？在艾伦等104期兵的加入下，新体制的利威尔班建成了。开始行动后，阻拦在他们面前的，是最强最恶的敌人。
常夏の孤島・青藍島（せいらんとう）。 この島に生家のある橘淳之介は、両親の死をきっかけに 妹・橘麻沙音と共に帰島することになった。 しかし青藍島は人口減少に待ったをかけるべく施行された ドスケベ条例によって、島中どこでもドスケベセックスが 許可・推奨されており、「性産的行為」を拒否すると 犯罪に等しい処罰を受けることになってしまう狂気の島であった。 誇り高き童貞にして処女厨であった淳之介はこの条例に疑問を持ち、 自身と愛する妹の純潔を守るべく、 反交尾勢力・NLNS(No Love No Sex)を立ち上げ、 ドスケベ条例の破壊を目指して動き始める――！ 「俺が…ドスケベ条例をぶっ潰す！」
