这是一个被巨人支配着的世界。成为巨人的食物的人类建造起了高达50米的巨大墙壁，以自由为代价去防止墙外的巨人的侵略。10岁的少年艾伦·耶格尔梦想着看到未知的墙外的世界。艾伦对那些满足于暂时的和平而放弃外出的人们感到格格不入。艾伦称他们为“家畜”。他们认为艾伦是“异物”。但是，由于能跨越墙壁的超大型巨人的出现，艾伦的“梦想”和人们的“和平”都瞬间土崩瓦解了。
时值19世纪，在英国名门贵族凡多姆海伍家，有一位神秘、优雅、十全十美的执事，他就是“黑执事” 塞巴斯蒂安。虽然塞巴斯蒂安总是淡淡地说： “我只是一名执事罢了”
杀死勇者，杀死王者，魔兽得到了“命运之赤子”…… 拥有超越人类智慧与毁灭性力量的魔兽之王克雷巴特斯，因被接到讨伐命令的 13 位勇者所激怒，决心毁灭人类。然而，他却意外地被托付了一件麻烦至极的东西——那是一名刚刚出生不久的人类婴儿。
所谓勇者，是世间最为残酷的刑罚。犯下大罪之人被制造为“勇者”，其刑罚便是和魔王战斗。哪怕死了也会被复活起来，无法享受死亡的安宁。被判处勇者刑的前圣骑士团团长赛罗·弗巴茨，率领着由各种性格古怪之人构成的刑罚勇者部队，奔走于战斗的最前线。在残酷的战场上，赛罗与最强的生物兵器之一，剑之“女神”缇欧丽塔相遇了。“在将敌人歼灭之后，要为我献上赞赏……以及抚摸我的头。”为了活下来，以及报复陷害自己的人——赛罗与“女神”订下契约，在这令人绝望的世界中，投身于炽烈的斗争与阴谋的漩涡。
“一直…想和你接触”——王子×竞争者。 本应该争夺女主角的……不知为什么王子瞄准了我…！？ 转生到小说世界的罗尼尔，本来是阻碍故事主角恋爱道路的“碍事角色”，很好地把握了自己的立场，为了不因妨碍而定罪，拼命地避开英雄王子埃里克……没想到王子竟然沉迷于罗尼尔！？ “明明是新手，却很容易有感觉，多么可爱的身体啊……”在拒绝的时候，却被当成了欲拒还迎—— 诶……为什么和小说不一样呢！？
故事开端为第一季故事的七年之后。 高达模型对战的规则被革新，亦令其对战更受欢迎。 虽然伊织诚和岭司得到第7回敢达模型对战世界大赛的冠军，也令学校圣凤学园沾光不少。不过，其“高达模型对战部”就只剩下部长—国中部3年级学生·星野文奈一人。 在新比赛规则底下，如果要参加比赛必须以3人1组的参与战斗。而圣凤学园高达模型对战部郤因为人数不足的情况下难以出场。 在偶然的之间，出现了一名转校生，就是跟随师傅修行多年次元霸王流拳法的神木世界。之后，被称为天才高达模型创制家的高坂祐马也加入。 终于，星野文奈、神木世界、高坂祐马三人组成了Team·Try·fighters，能够在高达模型对战大赛中登场，向世界大赛展开挑战。
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
因为极度腹痛而倒下的金田一，被送到了不动山市内有名的圣正综合医院。然而偶然的，金田一在医院的厕所里发现了尸体。尸体的脖子上有着明显的注射痕迹，地板上又别有用意的放置了一个“铃”。这个铃，据说是和三年前发生在医院内的惨剧有关的“死神之铃”。 突然被卷入杀人事件的金田一、不断发生的事件、逐渐明朗化的目标、当事人的“再一张脸”……犯下冷酷罪行的杀人者的动机到底是什么？遗留的“死神之铃”究竟有着什么意义？踏入栖息着不祥死神的医院的金田一，能够揭开事件说出真相吗？ 此为SP1
