在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
塔罗、蒸汽朋克、超能力……周明瑞自异世界而来，加入了这个以疯狂与恐怖为底色的世界，成为了“克莱恩”。
存在感薄弱的高中生织田晶，有一天突然和同班同学一起被召唤到了异世界。全班人因召唤都被赋予了开挂能力，晶也如奇幻小说的标准剧情一般获得了暗杀者的力量——到此为止都还是在预料之内的，然而问题是身为区区暗杀者的晶的属性数值居然轻松就凌驾于作为同班同学的勇者之上？！ 而且以暗杀者技能发现了主导异世界召唤的国王的阴谋的晶，被安上了冤罪。逃亡到的地点是前人未至的迷宫深层。发誓要向国王复仇的晶为了寻求更强的力量而突进迷宫，并与精灵族神子艾蜜莉亚相遇——。 暗杀者少年与神子少女一同成为最强的异世界奇幻故事，开幕！
28岁的方平意外重生到了2008年的平行世界，回到了18岁高中时的自己。这是一个由武者体系构成的世界，在这里，武者拥有极高社会地位及权利。因前世战天帝的命运巧合，重生后的方平体内生成了武道系统，可通过接触任意价值的稀有道具转化为武道值，以超越常人的速度将骨骼、筋脉、肉身、气血、精神力等一系列能力提升。通过系统金手指及自身头脑，方平顺利进入摩都武科大学进修，在日后的岁月中，不断完成自我成长。面对未知的困境，他逐渐意识到武者需要承担的责任与守护亲情、友情、爱情的使命。
