高中毕业之后，北原伊织（内田雄马 配音）顺利的进入了大学，即将展开崭新的大学生活。为了上学，北原来到了一座坐落在海边的城市里，和内陆城市完全不同的海洋气候使得北原对未来的生活充满了憧憬和希冀，同时也使他开始接触潜水这项有趣的运动。 个性活泼开朗略微有些强势的古手川千纱（安济知佳 配音）、温柔体贴实际上对妹妹千沙充满了强烈的占有欲的古手川奈华（内田真礼 配音）、时常顶撞北原但其实对哥哥充满了兴趣的傲娇少女北原栞，在这里，北原很快就结识到了一帮志同道合的好友们。加入了潜水部的北原，又会在这项运动中找到怎样的意义呢？
高度发展的都市，拉塞尔市。 在讴歌繁荣的这座城市中，动摇这个世界的巨大阴谋开始启动—— 立刻察知阴谋动向的男人索德，为了揭露阴谋而投身于不为人知的战斗当中。但他得到的线索却只有“El Dorado”这样的关键字而已。在战斗当中，索德遇到了一位名叫索菲亚的少女。索菲亚也在寻求着失踪的哥哥皇后留下的讯息“El Dorado”的含义。索菲亚失去了皇后，而索德也有过失去妹妹的过去。被“El Dorado”这一字句所吸引的两人，从对方身上感受到看不见的羁绊，并开始一同行动。 就这样，各自的心意交错的旅程开始了——
鬼医桃夭，善恶如谜。金铃过处，片甲不留。讲百种妖怪，述世间沧桑。她是所有妖怪的救星，也是所有妖怪的噩梦。她带着磨牙小和尚行走江湖，也是鬼医桃夭。桃都鬼医桃夭只治妖怪不治人，她带着小和尚磨牙一起云游四方，顺道给各路妖怪治病。磨牙的跟班狐狸滚滚，加上她们的老邻居蛇妖柳公子，也先后加入结伴而行，在这妖怪横行、惊险重重，却又让人眷念的人间大显神通，为周围的妖怪治疗各种疑难杂症，也为这些妖怪周围的人类排忧解难。桃夭、磨牙和柳公子之间的关系不显山不露水，更多稀奇古怪的问题等着这个小团队一起去探索解决。冰山的一角...
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
