大千世界，无奇不有。 骊珠洞天中本该有大气运的贫寒少年，因为本命瓷碎裂的缘故，使得机缘临身却难以捉住。基于此，众多大佬纷纷以少年为焦点进行布局，使得少年身边的朋友获得大机缘，而少年却置身风口浪尖之上…
在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
有着人类少女的样貌，却不同于人类的存在――精灵。 她们拥有强大的能力，从邻界现身时，因为会伴随名为『空间震』的灾难，她们甚至被称为人类的天敌。 面对精灵的威胁，人类能采取的手段，是以武力歼灭，或是―― 『与精灵约会，使其娇羞』！ 五河士道能通过让精灵娇羞并亲吻精灵来封印她们的灵力。 靠着这个特异能力持续拯救人类及精灵们的士道身边，有股巨大波涛即将袭击而来。 身为世界屈指可数的巨大企业且想获得精灵力量的DEM社，为了夺取士道的性命，将大举来袭。 于是，士道记忆深处里的神秘少女现出原形―― 各种想法错综复杂，史上最大的战争即将开始。
