小林一家将迎来前所未有的挑战，异世界两大阵营战火一触即发，康娜父亲奇姆恩卡姆依决定带康娜归返异世界。“再见了，小林……”康娜将如何选择？
擎天柱，热浪，巨石，追踪和刀锋相继通过扫描获得了恐龙形态，在一次次救援行动中逐渐学会了控制并使用这种新的形态。同时在这一季中，擎天柱把老战友海潮请来，对救援汽车人进行海上救援的训练。之后不久，又有新的塞柏坦伙伴——打捞和啰嗦加入到救援队列中来，他们之间又会碰撞出怎样的火花呢？
為了與犯罪組織古萊姆（クライム）對抗,國際科學特搜隊的鯨井大助決定組織一隊改造人部隊，最後他找到接受手術的四人，分別是：櫻井五郎、東竜、嘉琳·水木（カレン水木）及大地文太。四人背負著改造人失去肉體的痛苦，與古萊姆周旋。 後來因古萊姆引入了侵略機械人，把目標由犯罪轉變成征服地球。因此皇牌突擊隊亦加入了行動隊長Big 1（ビッグワン），令戰況更加白熱化。
