“因为我是最吃透主人身体的人啦”一心扑在工作上，在大型电动机械制造商的企划部上班的OL：津田茜（28岁）。虽然在职场上作为部门王牌而被仰慕着，但是在私下其房间十分地脏乱，酒相很差也没有谈过对象。一天，她借着酒劲与寂寞买下的是，啪啪啪用机器人：抚子……？！
1614年，德川家康73岁，年迈的他必须在两个儿子之间为他的将军之位选一名继承人。难以决断的德川家康将决定的权利交给当时势均力敌的两大忍术宗家，它们分别是甲贺流和伊贺流。在前人服部半藏的调解下，曾经水火不容的两家签下了“不战条约”，但在权利和政治的挑拨之下，条约被撕毁了。 两家各派出十名忍者，他们要相互残杀直至仅剩一方幸存，而幸存方所支持的对象即可成为下一代将军。其中，甲贺流的头领甲贺玄之介（鸟海浩辅 配音）与伊贺流的头领胧（水树奈奈 配音）在战前曾经是两情相悦的恋人，与此同时，甲贺流与伊贺流的一些成员之间也有着复杂的感情纠葛。但是此时此刻，仿佛被丝线牵引的人偶，他们必须摒弃所有的感情，展开一场血腥残酷的厮杀。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
故事发生在七森中学中，茶道社因为人气不佳最终面临闭社的悲惨命运，单纯天真懵懂无知的赤座灯里（三上枝织 配音）、开朗热情的暴走少女岁纳京子（大坪由佳 配音）、沉默寡言但却是吐槽担当的船见结衣（津田美波 配音）和看似可爱人畜无害实则十分腹黑的吉川千夏（大久保瑠美 配音）四名女生占据了茶道社的活动教室，在这里另起炉灶成立了娱乐部。故事的序幕就此拉开。 娱乐部的存在竟然引起了学生会的注意，身世神秘的会长松本理世（后藤沙绪里 配音）和傲娇不坦率的副会长杉浦绫乃（藤田咲 配音）的介入让本来就热闹的社团生活增添了一份欢乐。
5月15日12点《灵笼》特别篇将上线，带领观众走进未知的地面世界，揭开神秘的地面人生活。
