立藤美学园，仅仅因为一个入侵者——“它们”，而化作了地狱的坩埚！“它们”袭击人，咬人，产生出新的“它们”席卷了整个学园。在化成恶魔的世界的学园内，小室孝和青梅竹马宫本丽、朋友井豪永，暂时去避难。但是，为了保护丽而被“它们”咬的永却变成了“它们”……剩下来的两人，与其他幸存者，同级同学高城沙耶、平野户田、剑道部主将毒岛冴子、校医鞠川静香汇合，下定决心逃出学园！他们有办法活下来吗！？
在这个世界中，存在着一种“中间人”，他们可以吸收自杀者的生命粒子，并利用这些生命粒子延续濒死之人的生命。“中间人”叶晰的搭档尚敏突然失踪，在寻找尚敏的过程中，他发现了自己所处的组织的一些不为人知的黑暗。而这些，都和一个名为“克洛托”的计划有关……
普通的上班族藤木户健二，他的妻子在忍者斗争中丧命。在他濒死之际，竟然被神祕的忍者灵魂附身了！捡回一命的藤木户，从此成为“忍者终结者”，专门终结忍者，为了复仇而战！以近未来都市新埼玉为舞台，忍者杀手VS忍者的生死决斗揭开序幕.....
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
在仙魔共存之世，桃山大王小桃花因与宿敌打架不慎跌下山头化为原型一束桃枝，却被一个名为长留的俊俏僧人捡回庙中悉心照料。桃花渐渐对长留产生感情，但长留似乎对桃花有所隐瞒，还牵扯到一段不为人知的过去。
