自从人类的和平与幻想被超大型巨人打破的那天起，艾伦·耶格尔便每天持续着没有尽头的战斗。因为眼睁睁地看着无力抵抗的母亲被巨人吃掉，艾伦发誓要将世间的巨人一只不留地驱逐出去。但是，在严酷的战斗中，艾伦自己也变成了巨人。为了人类的自由，艾伦施展着巨人的力量，并在希娜之墙的史托黑斯区和女巨人发生了激烈的冲突。在这场巨人间的战斗中，艾伦最终胜出了。即便如此，艾伦以及人类的休息时刻也不会到来。下一轮的战斗已经宣告开始。对于逼近罗塞之墙的巨人大群，人类将如何面对？
普通的上班族藤木户健二，他的妻子在忍者斗争中丧命。在他濒死之际，竟然被神祕的忍者灵魂附身了！捡回一命的藤木户，从此成为“忍者终结者”，专门终结忍者，为了复仇而战！以近未来都市新埼玉为舞台，忍者杀手VS忍者的生死决斗揭开序幕.....
在公元2015年，一个魔术尚存的最后时代之中。人理继续保障机关「Chaldea」，透过近未来观测镜「Sheba」突然发现人类即将在接下来的2016年中毁灭。为了针对异象及时空特异典进行解析及干涉，他们利用被统称为「Grand Order」的禁忌仪式，将术师灵子化之后送回过去，只为阻止人类历史就此中断。 被扭曲的冬木圣杯战争，Saber（阿尔托利亚·潘德拉贡）黑化并杀掉Caster以外的所有从者顺道灭了整个冬木后在大空洞等待Caster的来临。这次战争的Caster为库·丘林，他个人表示如果职阶是Lancer就能秒杀黑Saber，因为主角，玛修和奥尔嘉玛丽的介入，成功停止了这场疯狂的圣杯战争，但Saber和Caster双双消失意味着这场战争没有人获得圣杯。关卡最后消灭了奥尔嘉玛丽灵魂的雷夫加上这次战争的Saber也认识Grand Order，到底是…？
