在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
2013年10月开播的日本电视动画《无限斯特拉托斯2》改编自弓弦逸鹤著作的轻小说《Infinite Stratos》。动画剧情承接前作，继续讲述了“世界上唯一能操纵IS的男性”织斑一夏，在IS学园中与不同性格、不同国籍的少女们之间波澜壮阔恋爱战斗物语。只对女性有反应、世界最强的超级兵器“Infinite Stratos”，通称IS。因为IS的问世，性别平等被破坏，世界变成女尊男卑的社会。主人公织斑一夏在高中的入学考试时误入IS操纵者育成学校“IS学园”的考试会场，并意外地启动了IS。成为全世界关注的“世界上唯一能操纵IS的男性”的一夏，被政府强制就读向来只有女性的IS学园。 于是，织斑一夏从成为女校中的万红丛中一点绿，从他青梅竹马的剑道少女筱之之帚开始，不同国籍不同性格的少女们围绕着织斑一夏开始了一场波澜壮阔恋爱战斗剧场。突然侵袭的敌人，IS隐藏的秘密，以及织斑一夏和少女们的恋爱故事究竟将如何发展。
由于一次意外，篮球健将长谷川昂（梶裕贵 配音）所隶属的篮球部被暂停活动一年。失去了最心爱的篮球，小昂的生活开始浑浑噩噩起来。经过阿姨篁美星（伊藤静 配音）的介绍，失意的小昂成为了私立慧心学园小学部的篮球教练。当小学部的篮球教练有什么意思？！虽然心有抵触，但小昂还是上岗了。 经过了一段时间的训练，小昂曾经瞧不起的女子篮球队居然爆发出了惊人的势力。稳重大气的凑智花（花泽香菜 配音），活泼可爱的三沢真帆（井口裕香 配音），个性爽朗的永冢纱季（日笠阳子 配音），别看她们的身板单薄，但各个都有着出人意料的长项。小昂对于篮球的热情被重新激起了，他们的目标是——向县篮球大赛冠军进发！
