在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
高中男生英雄，有两位可爱的青梅竹马！虽然她们没有那个意思，但如果被她们发现只有我一个人用色色的眼光看待已经长大的她们……太羞耻了！性格各异的两个女生总会在“不经意间”与英雄发生意想不到的“碰撞”。各怀秘密的三人就这样上演着一出出甜蜜而焦躁的三角关系爱情喜剧♡
小建筑师巴布和可爱的组员Dizzy、Lofty、Muck、Roley、Scoop，加上稻草人Spud、猫咪Pilchard及好友Wendy可说是城市中不可或缺的重要人物喔！他们除了修修马路外，要负责维修受损的东西，当然少不了盖新大楼等大工程。为了让剌猬们安全过马路，小小建筑师们专程替刺猬盖了新的地下道；巴布还会修理热水管，爱耍宝的他却把水管拿来当喇叭吹，吵得大家不得安宁；举凡城市中发生的芝麻小事，交给巴布准没错，可是生性迷糊的他，一天到晚闹笑话让大家哭笑不得！
伍六七接到神秘任务过程中却意外丧失记忆，为了唤醒记忆，伍六七去到过往记忆发生的地方见到记忆相关的人，其身世之谜也随之逐渐浮出水面。
漠北当下表面平静，实则暗中涌动。王后述里朵正筹划一场大会，不良帅为探查漠北动向带着一众不良人出现在漠北，以降臣为首的四大尸祖在此期间也来到漠北开了家古董羹店，而神秘的杀人凶手更弄得人心惶惶，几方势力各怀心思....
