斗魂圣地一战之后，为了拯救枯萎的灵界灵树，六支浇灌灵树灵液化作灵树之种，由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击，镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心，在苍麟拼死牵制下，紫染带着灵树之种开始逃亡，在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心，斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。
在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
从高中时代就开始暗恋学长荀枫的林鹿考进了荀枫所在的大学，新生报名后，林鹿在树下悄悄说出自己的暗恋小心思，没想到居然被树上的帅哥——新任校草夏翊听到了，林鹿惊慌失措，在回家的路上居然发现夏翊和女明星茗窈“约会”？！夏翊不想让自己的秘密暴露，便说能帮林鹿追到荀枫，由此，一段懵懂的情感物语就此开始。
这部剧集讲述了善于问“为什么”的重要性，由克里斯·尼（《小医师大玩偶》）、巴拉克·奥巴马和米歇尔·奥巴马监制。
